Tóm tắt nội dung: Thế giới Số đã trở nên quá đông nên vị thần tối cao Yggdrasil quyết định thực hiện Project Ark với Chương Trình X diệt sạch Digimon. Chỉ những Digimon được mới được sống trong tân thế giới. Tuy nhiên có những Digimon mang trong người Kháng Thể X và sống đến tân thế giới. Nhưng Yggdrasil coi nhưng Digimon kháng thể X là kẻ ngoại đạo cần khai trừ. Giờ là lúc bắt đầu trận đánh sinh tử của Digimon với Yggdrasil.