Theo đó, cốt truyện Mushroom Wars 2 vẫn theo cách khá quen thuộc khi những chiến binh nấm đứng lên chiến đấu bảo vệ quê hương mình. Cụ thể ở đây là người chơi sẽ lãnh đạo toàn bộ họ hàng nhà nấm phải cùng chung sức để bảo vệ miền đất của chúng khỏi một thế lực bên ngoài, thậm chí là đến từ ngoài vũ trụ. Ngay cả khi không được trang bị vũ khí, đội quân của bạn vẫn sẵn sàng lao tới tấn công kẻ địch theo mệnh lệnh của bạn mà không hề...